A lo largo de la existencia de los Organismos Autónomos dentro del régimen de la Cuarta Transformación estos enfrentaron recurrentemente presiones políticas y desafíos que debían encarar por actuar como contrapesos institucionales independientes frente a las estructuras de poder imperante. Así, el gobierno ejerció periódicamente diversas estrategias de contención para mermar su operación por las acciones frontales efectuadas para nivelar las acciones desequilibradas, caprichosas o unilaterales de la administración pública y otras entidades poderosas que perturbaron el funcionamiento virtuoso de la vida pública.